Fonassist cuenta con una Junta Directiva conformada por 3 integrantes principales con su suplente. Se elijen anualmente por la Asamblea General de Asociados. La Junta Directiva es el órgano encarado de definir las políticas y lineamientos de operación de Fonassist.

Comité de Control social, es un órgano fiscalizador de las actividades y desarrollo en la parte social y cultural de Fonassist.